يقع مخيم خانيونس في جنوب قطاع غزة على بعد 2كم عن ساحل البحر وإلى الغرب من مدينة خانيونس والتي سمي المخيم باسمها وهي مدينة تاريخية هامة ومركز تجاري قديم ونقطة استراحة للقوافل القادمة من بلاد الشام إلى مصر وبالعكس. وكان فيها خان كبير يدعى خان يونس وظلت المدينة تسمى باسمه حتى يومنا هذا.

أنشئ مخيم خانيونس في عام 1948 بواسطة الصليب الأحمر والجمعيات وثم تسلمته وكالة الغوث الدولية عام 1950 وبلغت مساحة المخيم عند تأسيسه 549 دونماً من الأرض الرملية ثم توسعت هذه المساحة لتصبح فيما بعد 564 دونماً نظراً لتزايد عدد سكانه. وكان عدد سكان المخيم في عام 1953 ما مجموعه 12.099 لاجئاً مسجلاً ثم ارتفع هذا العدد في عام 1955 ليصبح 18.291 نسمة وذلك بسبب التنقلات الكثيرة من مخيم إلى آخر بحثاً عن الاستقرار في العمل أو بجانب الأقارب أو أهل البلاد الأصلية.

وجاء معظم سكان المخيم من قرى بئر السبع ومن بعض مدن وقرى وسط وجنوب فلسطين المحتلة عام 1948 كمدن اللد والرملة ويافا وقراها.

وفي عام 1987 كان عدد سكان المخيم نحو 35.407 نسمة من اللاجئين المسجلين لدى وكالة الغوث وقد توزع هؤلاء اللاجئون على 7.530 أسرة وكان عدد الذكور منهم 18.057 أما عدد الإناث فقد بلغ نحو 17.350.

أما في عام 1997 فقد بلغ عدد السكان المخيم حسب الجهاز المركزي للإحصاء الفلسطيني نحو 34.248 نسمة وهم يتوزعون على 151 أسرة وكان عدد الذكور منهم نحو 17.229 أما عدد الإناث فقد بلغ نحو 17.019.

أما عدد سكانه حسب وكالة الغوث الدولية فقد بلغ في عام 1997 نحو 21.624 نسمة وهذا الفرق الكبير بين إحصائيات الجهاز المركزي للإحصاء وبين تقديرات وكالة الغوث يرجع سببه إلى مغادرة سكان المخيم إلى خارج البلاد من أجل العمل والبحث عن مصادر الرزق في الأردن أو دول الخليج. وفي عام 2001 بلغ عدد اللاجئين المسجلين في المخيم 59.524 لاجئاً.